Jednomanuálový mechanický nástroj postavil Josef Kučera z Milíčevsi v roce 1824 s touto dispozicí: Copula 8´, Principal 4´, Copula 4´, Octav 2´, Quint 1 1/2´, Mixtura 3x 1´, Portunalbas 8´, Quint 6´. Varhanář Josef Kučera měl dílnu v Milíčevsi a postavil několik menších jednomanuálových nástrojů, ze kterých se dochovaly pouze tři opusy (Kněžice, Záhornice a Choteč). Nástroj v Chotči je posledním dokončeným opusem tohoto varhanáře. V pamětní knize farnosti se můžeme dočíst, že varhany byly postaveny „dosti špatně“. Toto nelichotivé hodnocení potvrzovala i četnost oprav, které zde zejména v 19. století probíhaly.

Již po roce 1830 nástroj opravoval pravděpodobně sám stavitel varhan. Po té byl nástroj údajně několik let zcela mimo provoz a v roce 1841 žádala farnost o další opravu. Tu provedl Josef Prediger v roce 1848. Oprava tehdy stála 200 zlatých, což napovídá, že se jednalo o větší zásah. Další opravu za 76 zlatých provedl Anton Barth v roce 1859 a menší opravy probíhaly v letech 1868, 1871 a 1875.

V roce 1882 nástroj přestavěl Antonín Mölzer. Změnil dispozici dle dobových zvyklostí, rozšířil tónový rozsah manuálu, zcela přebudoval pedálový stroj, vyměnil měch a pravděpodobně také posunul varhany přibližně o 50 cm dozadu. Ve 20. století se četnost oprav snížila a stav varhan se postupně zhoršoval a byl použitelný pouze s velkými obtížemi. Proto se obec rozhodla pro důkladnou opravu a oslovila varhanáře Ivana Boka, který ponechal podobu dispozice z roku 1882 a poměrně nekompaktní píšťalový fond sjednotil do zvukově zajímavé podoby.