Původní nástroj byl postaven kolem roku 1730 v králické dílně a byl určen pro tehdejší seminární kostel sv. Jana v Hradci Králové (nyní Městská hudební síň). Podle archivních pramenů byl nástroj přestěhován do kaple sv. Josefa koncem 19. století, kdy došlo v kostele sv. Jana ke stavbě nových varhan.

V roce 1940 nástroj přestavěl Josef Melzer z Kutné Hory, který zachoval pouze původní barokní skříň a do ní vestavěl jednomanuálový pneumatický výpustkový nástroj. Tento nástroj byl však značně poruchový a v 80. letech 20. století již nebyl schopen hry.

Proto byla v roce 1993 zahájena rekonstrukce nástroje, jejímž cílem bylo přiblížení k původní dispozici. Podle zbytků stop na varhanní skříni bylo patrné, že se původně jednalo o dvoumanuálový mechanický nástroj s vestavěným hracím stolem. Rekonstrukce však vázla na nedostatku finančních prostředků. Podařilo se pořídit pouze několik píšťalových řad, ventilátor, a byla provedena konzervace varhanní skříně.

Teprve v roce 2008 bylo možné díky dotaci z Královéhradeckého kraje zahájit rekonstrukci těchto varhan. Práce se ujal varhanář Ivan Červenka z Jakubovic, který stavbu varhan dokončil v listopadu roku 2009. Z úsporných důvodů byly použity některé rejstříky ze starších, již zrušených varhan.