Kostel patřil původně evangelické církvi augsburského vyznání a v roce 1969 jej tehdejší Městský národní výbor přebudoval na na obřadní síň. Jediné, co se z původního mobiliáře kostela dochovalo, byl skelet varhanní skříně s prospektovými píšťalami. Písemné prameny o původu tohoto nástroje se dosud nenašly, ale podle rozměru a tvaru skříně lze soudit, že se jednalo o jednomanuálový mechanický nástroj, postavený kolem poloviny 19. století.

V roce 2020 se Obec Černilov rozhodla vestavět do prázdné varhanní skříně repliku nástroje, která by splňovala nároky nejen na hudební doprovod při obřadech, ale i na případné koncertní využití. Práce se ujal Ivan Červenka z Jakubovic a v roce 2021 stavbu dokončil.

Po konstrukční i zvukové stránce nástroj vychází z tradic českého barokního varhanářství. Manuálová část je vestavěna i s hracím stolem do původní varhanní skříně, pedálový stroj je umístěn za zády varhaníka u zdi tak, aby při pohledu z lodi kostela nebyly pedálové píšťaly vidět. Poměrně skromná dispozice skýtá relativně široký výběr jak pro sólovou hru, tak pro doprovod jiných nástrojů nebo zpěvu.