Původní barokní varhany z roku 1765 byly údajně již velmi poruchové a nepomohla ani oprava v roce 1900. Po té kronikář zapsal do kroniky tuto úsměvnou zprávu: „Varhany pískají, když mají mlčet a jsou němé, když mají hrát. Musí se penzionovat“. Farnost se následně rozhodla pro pořízení nových varhan a objednala je u varhanáře Franze Josefa Swobody z Vídně, který je v roce 1906 v Hajnici instaloval.

Nástroj je vestavěn do výtvarně zajímavé jednodílné varhanní skříně, opatřené žlutým fládrem, zdobené řezbami a pilastry. Hrací stůl stojí volně uprostřed kůru. Nástroj má klasické kuželkové vzdušnice, ovládané pneumatickou trakturou, přičemž vedení traktury je provedeno neobvyklým způsobem – papírovými trubičkami.

Podle zápisu ve farní kronice proběhla oprava v roce 1924 a provedl ji Josef Fries z Trutnova. Další drobnou údržbu provedla firma Rieger v roce 1934. Po válce se nástroj prakticky neudržoval a po roce 2000 byl již nepoužitelný. V roce 2018 provedl opravu varhan Robert Ponča z Krnova, který dodal nový tichoběžný ventilátor firmy Könyves.