Po požáru kostela v roce 1762 zde začal stavět nové varhany významný králický varhanář Josef Streussel, který v tu dobu pracoval současně i na stavbě nových varhan v katedrále Sv. Ducha. Na nové varhany v kostele Panny Marie se poprvé 2. 12. 1766.

V roce 1857 postihl kostel opět velký požár, o zničení varhan však neexistuje žádná zmínka. Nástroj byl v minulosti několikrát opravován i dispozičně přestavován (1869 Franz Kunz z Josefova, 1922 Bohumil Paštika, kolem roku 1930 Karel Ryglevič z Hradce Králové). V roce 1999 dokončil restaurování varhan Ivan Červenka z Jakubovic za 600 000 Kč. Chybějící cínové píšťaly dodal Jan Kubát z Kaňku. Restaurování varhanní skříně provedl Václav Molenda z Kutné Hory za 80 000 Kč. 

Dvoumanuálový nástroj s 22 rejstříky je pozoruhodný i tím, že jeho varhanní skříň je vytvořena unikátní iluzivní malbou na dřevěných deskách. Je to zároveň jeden z mála dochovaných nástrojů varhanáře Josefa Streussela.