Ve výšce 975 metrů nad mořem stojí nejvýše položený kostel v Čechách, kde se nachází jednomanuálový mechanický nástroj z roku 1833 od varhanáře Václava Kunze z Josefova. Z jeho tvorby se dochoval pouze dvoumanuálový nástroj v Ruprechticích a jednomanuálové varhany v Markoušovicích. Nástroj v Malé Úpě prošel v roce 1931 dispoziční změnou, při které Ladislav Hauser nástroj romantizoval a z původního píšťalového fondu se tak mnoho nedochovalo. Ve 2. polovině 20. století se o varhany průběžně staral Karel Müller z Malých Svatoňovic, který zde také hrál při bohoslužbách. Za jeho působení se ještě šlapaly měchy, umístěné původně na půdě kostela.

V roce 2021 byla díky iniciativě starosty obce Ing. Karla Engliše zahájena celková rekonstrukce nástroje, při které byly použitelné součásti restaurovány a velká část píšťalového fondu byla zhotovena nově. Vzduchová soustava byla v rámci rekonstrukce přemístěna za varhany. Práci provedla velmi pečlivě firma Bohumil Žloutek a syn ze Zásady. Nástroj má nyní tuto obnovenou dispozici: