Původně raně barokní varhany s osmi rejstříky postavil G. A. Tauchmann ve 2. polovině 17. století. Z nich můžeme obdivovat na dobových fotografiích pouze bohatě zdobený prospekt. Po regotizaci kostela zde postavil nové dvoumanuálové mechanické kuželkové varhany pražský varhanář Emanuel Štěpán Petr za 6 300 Korun (opus 132). Nástroj zazněl poprvé 22. 5. 1900. Na první pohled upoutá výtvarně zajímavá novogotická varhanní skříň, navržená architektem Antonínem Cechnerem. Nástroj je dochován v původním stavu včetně cínových prospektových píšťal.

V roce 1910 varhany čistil a ladil Josef Kobrle, kolem roku 1930 o nástroj pečoval Josef Kunt a v roce 1974 provedl údržbu varhan František Nožina z Prahy. V roce 2010 byl vyměněn ventilátor od firmy Jantač-Tichý. V roce 2023 zahájil celkovou opravu varhanář Vít Mišoň, který repasoval tónovou i rejstříkovou trakturu, překožil měch, konzervoval dřevěné součásti proti červotoči a nástroj intonačně vyrovnal a naladil. Práci dokončil v roce 2026.