Původní barokní nástroj zde postavil Kašpar Welzel z Králík v roce 1746 za 140 zlatých. Koncem 2. světové války byl kostel vážně poškozen a varhany byly v roce 1951 přestěhovány do kostela v Horním Jelení, kde slouží dodnes.

Po roce 1990 byla v Neratově zahájena celková rekonstrukce kostela, která byla dokončena v roce 2022. Ze základního vybavení kostela již chyběly pouze varhany. Jelikož si farnost z finančních důvodů nemohla dovolit stavbu varhan nových, využila příležitost přestěhovat do Neratova starší nástroj z Velké auly pražského Karolina. Jedná se o varhany postavené kutnohorskou firmou Organa v roce 1968 (opus 1672). Nástroj s elektropneumatickou trakturou přestěhoval, repasoval a instaloval Jan Gregor ze Svratky v roce 2025. Novou prospektovou část varhan navrhl architekt PhDr. Karel Rechlík, který se snažil, aby vizuální stránka nástroje korespondovala s celkově moderním interiérem obnoveného kostela.