Původ tohoto nástroje není dosud zcela jasný. Podle pamětní kroniky nechal v roce 1760 jistý dobrodinec místo dosavadního pozitivu postavit ve farním kostele velké varhany Karlem Welzelem z Králík. Podle zjištění MUDr. Horáka i podle výtvarných prvků na dochované varhanní skříni je však pravděpodobnější, že varhany postavil Jan Bohumír Hälbich starší již v roce 1708. V roce 1820 varhany rozšířil Wilhelm Lehmann z Josefova na náklady patrona kostela, knížete Colloredo-Mansfelda.

V roce 1901 nástroj přestavěl nejprve Josef Kobrle z Lomnice nad Popelkou a v roce 1935 dokonal zkázu vzácných varhan Karel Ryglevič z Hradce Králové přestavbou na pneumatický výpustkový systém. Ještě v roce 1978 se snažil varhanář Jaroslav Hubený z Protivína prodloužit životnost poruchové pneumatické traktury, ale výsledek opravy neměl dlouhého trvání. Nástroj byl několik let mimo provoz a teprve v letech 2001 až 2009 vestavěl do barokní varhanní skříně nový mechanický zásuvkový nástroj Ivan Červenka z Jakubovic.

Bez zajímavosti není ani skutečnost, že v polovině 20. století zde zastával funkci ředitele kůru a varhaníka opočenský rodák, skladatel Luboš Sluka.