Jednomanuálový mechanický nástroj postavil Franz Süssmuth v letech 1769 – 1771 za 330 zlatých. Nástroj prošel několika úpravami a dispozičními změnami. V roce 1845 přestavěl Franz Žďárský hrací stůl tak, aby varhaník seděl čelem k oltáři. Při této přestavbě došlo i ke změně několika rejstříků.
Další velkou opravu provedl v roce 1881 Franz Finger z Kunčiny Vsi. Poslední větší oprava proběhla v roce 1921, kterou provedl místní varhaník Ferdinand Hausdorf. Po odchodu sudetských Němců zde utichl život, nástroj postupně chátral a nedalo se na něj hrát.
Obnovu varhan v Martínkovicích realizovali varhanáři Joef Poukar z České Třebové a Jan Eliáš z Křinic v letech 2000 až 2010 za velké finanční podpory ze strany Krajského úřadu, který postupně přispěl částkou ve výši kolem 1 milionu korun. Část zbývajících finančních nákladů nesla obec Martínkovice (234 900 Kč) s řadou soukromých dárců včetně varhaníka a iniciátora celé akce Ing. Vladimíra Hrubého.
Varhany v Martínkovicích jsou dispozičně velmi zajímavé a neobvykle bohaté zejména na základní doprovodné rejstříky. Jsou zde celkem tři osmistopé a čtyři čtyřstopé řady, což je u jednomanuálových barokních varhan poměrně nezvyklé. Najdeme zde i jemné smykavé rejstříky – Salicional a Gemshorn, nebo rejstřík Nassata, což je jemná kvintová řada, která dodává nástroji zajímavý zvukový rozměr.